Наши ученые бьются за то, чтобы определить их быстрее, чем они распространяются
Наибольшая доля разрушительного индийского штамма, который смогли определить, сосредоточена в данный момент в Санкт-Петербурге.
Неизвестно, как сейчас представлен индийский штамм в других регионах, — за последние недели большинство исследованных образцов генома вируса (около 90%) было из Питера, поэтому эксперты знают только то, что происходит в Северной столице. По Москве точных данных пока нет. Идет процесс исследования генома.
Фото: fontanka.ru
Отечественные ученые исследуют геномы вируса, чтобы понять, какой из вариантов в данный момент преобладает в России и что от него можно ждать.
По сравнению с другими странами у нас этот процесс едва движется. Мы выяснили, зачем вообще надо знать, какой из штаммов сейчас главный в России.
Все прежние варианты SARS-Cov-2, вызвавшие первую и вторую волны, увы, проигрывают в конкурентной борьбе с наиболее заразной дельта-мутацией.
Линии B1.1 и В 1.1317. В 1.1.397.
Линия В.1.1.523. Линия АТ.1. Линия В1.1.7
Это не улицы в Санкт-Петербурге, а эндемические линии вируса, характерные для РФ раньше.
И, наконец, самая страшная новая линия — В1.617.2. Так называемый индийский штамм. Именно он, по словам Сергея Собянина, вызвал взрывной рост заболеваемости. Хотя на самом деле по сравнению с Санкт-Петербургом в Москве дела, тьфу-тьфу, обстоят относительно благополучно.
В Интернете распространяются две фотографии из Северной столицы. На одной из них — фестиваль «Стереолето» и веселящиеся человеческие толпы. На другой — очереди из «скорых».
Эти две вселенные пересекаются в одной точке — в ковидных госпиталях, сегодня в день в Санкт-Петербурге госпитализируют больше, чем в самый пик первой волны.
Почему же количество заболевших в Санкт-Петербурге за 14 июня практически сравнялось с числом госпитализаций? Ведь в больницу чаще всего кладут проблемных пациентов и с возникшими осложнениями. Неужели все, кто заболевает, настолько тяжелые?
Эксперты могут ответить на этот вопрос: виноват сильный недоучет случаев и плохое/некачественное тестирование, но это только верхушка айсберга. Ясно одно: старые штаммы, к которым мы уже привыкли, выдохлись.
Зачем же нужно секвенировать, то есть определять, последовательность нуклеотидов новых российских штаммов? Чтобы точно понять, что они такое, откуда и как с ними бороться.
Первый этап, для которого применяется секвенирование, это предотвращение распространения вируса в популяции. Как мы помним, в 2020 году некоторым отдаленным странам, например, Новой Зеландии, до которой не так уж легко добраться, удалось остаться на этом благословенном этапе.
К сожалению, большинство государств, где ныне наблюдается широкая циркуляция вируса, перешло ко второму этапу — смягчение последствий пандемии. Полученные после секвенирования генетические данные обычно используются для мониторинга новых вариантов вируса, оценки его репродуктивного числа, а также для исследования случаев заболевания среди вакцинированных.
С появлением новых штаммов этот цикл повторяется снова и снова. «Вы помните, как осенью 2020 года все заботились о том, появился ли новый коронавирус в их странах? — рассказал Андрей Комиссаров, завлабораторией молекулярной вирусологии НИИ гриппа им. А.А.Смородинцева Минздрава РФ, на онлайн-семинаре Института междисциплинарных медицинских исследований по этой проблематике. — Сейчас главный вопрос — ходит ли у нас уже вариант Дельта, он же индийский штамм, а также насколько часто встречаются южноафриканский, британский и другие варианты».
«Для Санкт-Петербурга мы делаем секвенирование и выгрузку в течение одной-двух недель. Такие же параметры доступны и для регионов, откуда можно быстро получить образцы. Чем дальше от центра, тем это время, соответственно, удлиняется».
Наиболее охвачены в плане секвенирования Москва, Санкт-Петербург, Екатеринбург, Свердловская область. В 2020 году это была еще и Омская область, куда специально выезжали для проведения секвенирования на месте. Но и все, пожалуй. Россия в этом плане далеко не в лидерах.
Как рассказывают специалисты, у нас отсеквенированы считаные доли от общего количества выявленных заболеваний. Один из лидеров по определению генома SARS-Cov-2 — Великобритания, где секвенируют порядка 7–8% всех положительных случаев.
Возможно, именно поэтому в Англии в сентябре прошлого года и был выявлен один из первых штаммов-мутаций с измененными свойствами и повышенной контагиозностью, так называемый «британец». При этом совсем не обязательно, что он появился в Англии, здесь его, назовем это так, лишь идентифицировали.
По данным консорциума CoRGI (Коронавирусная российская генетическая инициатива, которая занимается исследованием геномов SARS-Cov-2), еще в январе 2021 года в России основными были самая первая «родительская» линия B.1.1, эндемические линии В.1.1.317 и B.1.1.397 и «в очень небольших количествах» британский штамм B.1.1.7.
Сколько же нужно секвенировать вирусов для того, чтобы выявлять мутанты? «Для того чтобы определить новый вариант с частотой 1% необходимо сделать 285 геномов в день при 10 тысячах новых случаев заболевания», — объяснил Андрей Комиссаров.
И это только для того, чтобы засечь новый штамм качественно. Если же необходимо оценить его количественно, данное число драматически возрастает. На самом деле в мире сейчас нет стран, где результаты получают с высокой точностью.
Зато наши ученые честно признаются, что существующие в России мощности позволяют проводить этот процесс довольно приблизительно.
Если посмотреть на сегодняшнюю Россию, то для генетического определения, какой штамм конкретно циркулирует, характерна не очень точная географическая репрезентативность. Для некоторых регионов объем данных большой. Но они в меньшинстве. Остальные сведения скорее фрагментарны.
«В GISAID (основной источник геномных данных вирусов гриппа и нового коронавируса. — Авт.) на данный момент депонировано чуть более 4660 геномов SARS-Cov-2 из России. С начала пандемии выявлены представители 139 из 1296 существующих в мире линий», — продолжает Комиссаров.
Еще совсем недавно наиболее распространена в РФ была линия АТ.1, ее еще называют в Роспотребнадзоре «северо-западный» вариант, так как встречался в Санкт-Петербурге и Псковской области.
Помимо этого он был обнаружен в двух регионах Финляндии, Великобритании (Кембридж), Германии в (Дрезден), США (Иллинойс) и в Израиле. Есть предположения, что мутация S-белка в вирусе позволяли этой мутации легче поражать клетки хозяина. Но пока точного подтверждения нет. И непонятно, нужно ли это вообще выяснять, ведь, скорее всего, «индиец» вытеснит его, как это произошло в других странах.
Индийский штамм, по мнению исследователей, появился в России во второй половине апреля. И уже сейчас эта линия, по крайней мере в Санкт-Петербурге, составляет больше двух третей от всех изученных геномов. Некоторые случайные образцы, к примеру, из Вологодской области, также оказались «индийскими».
Индийский штамм был зафиксирован в 63 странах мира. Он также характеризуется важными заменами в спайк-белке, которые, как говорят ученые, помогли ему стать более контагиозным и выиграть конкурентную борьбу со своими собратьями.
Он имеет как минимум 13 мутаций, изменивших его свойства в сторону большей заразности с одновременным ускользанием от специфических антител, которые уже не всегда спасают от заражения.
